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Ce guide est une actualisation du rapport de 2003 intitulé "L’organisation des soins en matière de traitements de substitution en milieu carcéral". Il est construit sous forme de14 fiches et propose un recensement des données existantes pour la période 1998-2011, une révision des recommandations en la matière et des recommandations de bonnes pratiques transférables. Il donne également la parole aux professionnels de santé exerçant en milieu carcéral et concernés par les TSO et les difficultés de leur utilisation en prison.

Les 10 fiches relatives à la prise en charge mettent en vis-à-vis, le contenu technique de la recommandation de bonnes pratiques et l’expérience des professionnels de santé.

Le plan gouvernemental de lutte contre les drogues et les toxicomanies 2008-2012 comportait, une fiche d’action thématique, intitulée « Améliorer la prise en charge et la continuité des soins délivrés aux usagers de drogues et d’alcool incarcérés ». C'est dans ce cadre que la Mission interministérielle de lutte contre la drogue et la toxicomanie (MILDT), en charge de l’application de ce plan a confié au ministère de la Santé (Direction générale de la santé) la mise en oeuvre de la réalisation du guide. Cette action s'inscrit également dans le cadre de l’action 12.2 du plan d’actions stratégiques 2010-2014 "Politique de santé pour les personnes sous main de justice".